Olá Anabela.
Não há problema nenhum de remover os arames. Aliás, quando nos ramos eles tem mesmo de ser removidos para não “marcar” a árvore quando cresce, já que têm apenas a função de lhe dar a forma pretendida enquanto o ramo não está firme.
Nas raízes, os arames são mais usados como um estratagema para segurar a arvore ao vaso de bonsai que geralmente é pequeno.

E pode confiar em mim (não sou "especialista" no assunto mas perguntei a um colega que o é).